תוכנית ההכשרה של מכון מניפה לשיפור ההוראה נבנתה מתוך הבנה כי בבסיס ההכשרה שלושה תחומי תוכן:
הכרה תיאורטית רחבה של צרכים דידקטיים ורגשיים של התלמיד המתקשה להשתלב במערכת הנורמטיבית מסיבות מגוונות, תוך התחשבות במבנה-העל של תחומי הידע במקצוע.
פיתוח אישי ופרופסיונאלי של המורה הטיפולי, ובכלל זה פיתוח מיומנויות עבודה בתחום ההוראה הטיפולית.
ידע, הבנה והיכרות עם אוכלוסיית התלמידים המהווים מושא התמיכה והליווי של המורה הטיפולי (כולל אוכלוסיות בעלות אפיונים ייחודיים או בעלות צרכים מיוחדים).
במסגרת התכנית תוקם ועדת התמדה בית ספרית בכל מוסד חינוכי בישוב, בנוסף לועדת היגוי יישובית לנושא הנשירה ולקידום התלמידים, המוגדרים "נושרים" ברמות השונות.
הועדה הבית ספרית אמונה על מעקב קבוע אחר התקדמותו של כל תלמיד במהלך התכנית ועל מעקב אחר עמידה ביעדים שנקבעו בתכניתו האישית. הוועדה אחראית גם על רשת הקשרים והמוסדות הסובבות את התלמיד: המוסד החינוכי, הרשות המקומית וההורים. ועדת ההיגוי היישובית אמונה על איסוף נתונים ברמה היישובית וקבלת החלטות על סמך נתונים אלו.
המלצות הועדה יופנו אל כל מפעילי תוכניות למניעת נשירה מטעם משרד החינוך, המחלקה לביקור סדיר, קידום הנוער, עמותות ועוד.
ההכשרה תתבצע על ידי צוות המומחים, בתחומי דעת הרלונטיים, של מכון מניפה.
ההכשרה מורכבת מלימודים ברמה אקדמאית ומסטאג' המלווה בהדרכה וליווי פרטני וקבוצתי, כאשר המורים מחויבים להשתתף בכל השלבים. במהלך ההכשרה כל מורה ילווה נער או נערה ביישוב הנמצאים במצבי נשירה.
לאחר הקורס יועסקו המורים במניעת נשירה ברשות המקומית, על פי המלצת ועדת ההיגוי. כלומר, מורים שיעברו את ההכשרה בהצלחה ,יתפקדו כ"בעלי תפקיד" למניעת נשירה ברמה בית ספרית ויישובית.
