מכון מניפה פועל בצורה מאוד ייחודית ושונה מארגונים אחרים הקיימים למען נוער בסיכון:
דגש על עבודה בתוך המסגרות הנורמטיביות - קבוצות מניפה פועלות בתוך בתי ספר או בסמוך להם מכיוון והמטרה היא לשלב את הנוער בתוך המסגרת הרגילה ולא לייצר מסגרת אלטרנטיבית
ליווי הוליסטי של המשתתפים - ליווי טיפולי, לימודי ונפשי מתוך ניסיון לדאוג לרווחת המשתתפים מכל ההיבטים. הרכז החינוכי של הקבוצה משמש כדמות מנהיגותית, המובילה מהלך של שינוי, ועוסק בו-זמנית גם בניהול המרכז. הליווי מתמשך לאורך כל התוכנית משלב לשלב, בדגש על הקניית ערכים וזהות (ממוקד בחינוך ערכים ולא בהשכלה של ידע)
ליווי ומניעה בשלושת מעגלי הניתוק:
- ניתוק מהמשפחה - גם במקרים בהם הניתוק הוא נפשי ולא פיזי
- ניתוק ממסגרת חינוך נורמטיבית - מניפה רואה את הניתוק מהמסגרת כמשבר ולא מעוניינת
להנציח את מצב הניתוק
- ניתוק מהקהילה - למרות קשיי זהות רוב בני הנוער מביעים רצון לזיקה וקשר עם הקהילה. בעבודה
עם נוער דתי אין כפייה על קיום מצוות אלא לימוד תורה הדרכה והכוונה
סדנאות שטח טיפוליות - מניפה מפעילה סדנאות שטח טיפוליות מאז יום הקמתה. במשובים המתקבלים על ידי בני הנוער ניתן לראות כי לסדנאות משמעות ראשונה במעלה בשינוי שחל בהם וביציאה ממעגל הסיכון. בני הנוער המגיעים למניפה נמצאים לעתים בספיראלה רגשית, הם מרגישים חוסר אונים לגבי חייהם ותחושה זו מובילה לפגיעות נפשית ורגשית. סדנאות השטח מחזירות לבני הנוער את תחושת האחריות והיכולת להצליח בכל תנאי
עבודה עם נוער בסיכון ממגוון מגזרים בפריסה ארצית, מתוך ראיה כוללת של מאפייני כל מגזר ומגזר
הפעלת סטאז'רים וסטודנטים להוראה המקבלים הכשרה לעבודה עם נוער בסיכון - הסטודנטים לומדים כיצד להעניק לבני הנוער בסיכון הרגשת שייכות וקשר, תוך הכנה לקראת בחינות הבגרות. כמו כן, הסטאז'רים מוכשרים להתמודדות עם כל סוגי הקשיים ולהיות מודעים לבעיית הנשירה הגלויה והסמויה
הצוות - שילוב בין צוות צעיר ודינאמי לצוות בכיר ומנוסה
מעל לכל האמונה ללא גבול ביכולת האנושית לצאת ממעגל הסיכון עם דגש על הקניית כלים לפיתוח רצון ואחריות
